Als maßgebliches Exekutivorgan gründete der Konvent am 6. April 1793 den Wohlfahrtsausschuss (Comité de Salut Public) als Exekutivorgan der Republik. Obwohl der Ausschuss theoretisch dem Konvent untergeordnet war, übernahm er, gestützt auf weitreichende Vollmachten, zunehmend die Macht. Die demokratische Verfassung vom 24. Juni 1793 wurde bis zu einem Friedensschluss mit Preußen und Österreich vorläufig suspendiert. Personell dominiert wurde der Wohlfahrtsausschuss, dem u. a. Danton, Louis Saint-Just und Lazare Carnot angehörten, seit seinem Beitritt am 27. Juli durch den Jakobinerführer Maximilien de Robespierre. Robespierre regierte quasi diktatorisch und setzte extreme Maßnahmen zur Beendung der Gegenrevolution, die sich besonders in der Vendée halten konnte, durch.
Eine weitere Zuspitzung der angespannten Lage in Frankreich erfuhr die Republik durch die von April 1793 bis Juli 1794 dauernde Schreckensherrschaft (La Grande Terreur). Durch die Errichtung eines Revolutionstribunals konnten politisch mißliebige Personen abgeurteilt werden. Die ehemalige Königin Marie Antoinette war das erste prominente Opfer des Tribunals und wurde am 16. Oktober hingerichtet. Zwei Wochen später folgten hochrangige Girondisten. In dieser Zeit nahm die Unsicherheit in der Bevölkerung ungeahnte Ausmaße an. Jeder Verdächtige (suspect) konnte einfach verhaftet werden, und ihm drohte auch ohne Gerichtsverfahren die Hinrichtung durch die Guillotine.
Die Befugnisse des Ausschusses wurden dabei monatlich vom Nationalkonvent bestätigt, während Robespierre, der Tugend und Terror zu den Triebfedern seiner Regierung erklärte, die diktatorische Macht in seinen Händen hielt. Neben der Verfolgung politischer Gegner richtete sich die Gewalt auch gegen die katholische Mehrheitskirche. Wurden vor der Terrorzeit nur die eidverweigernden Priester verfolgt, so traf es nun auch konstitutionelle Priester, die als Anhänger der Girondisten galten. Vor Verfolgung nicht sicher waren allerdings auch Minderheiten wie Juden und Protestanten.
Im Dezember 1793 widerrief der Nationalkonvent schließlich feierlich die Religionsfreiheit und verbot die christliche Kirche. Um das entstandene Vakuum zu füllen, schuf der Wohlfahrtsausschuß eine neue republikanische Vernunftreligion mit eigenem Kult. Insgesamt fanden in Paris mehr als 2000 Personen den Tod durch die Guillotine, im übrigen Teil Frankreichs nochmals über 15.000. Hinzu kommen die vielen Todesfälle in den überfüllten Gefängnissen und die Schnellverfahren beim Militär.
Verschwörung gegen Robespierre
Eine Verschwörung gegen Robespierre und seine Anhänger markierte dann das Ende der Terrorherrschaft. Der Konvent stellte sowohl Robespierre als auch seine Anhänger unter Anklage und veranlaßte die Guillotinierung des Diktators am 28. Juli 1794 – ohne Gerichtsverhandlung und ohne Urteil. Mehr als hundert seiner Anhänger ereilte zwei Tage später das gleiche Schicksal.
Die verbliebenen Abgeordneten des Nationalkonvents, die Thermidorianer, hatten nun die Macht in Frankreich. Bis Ende 1794 stand der Nationalkonvent unter dem Einfluss der gemäßigten Republikaner, die angesichts der politischen und sozialen Probleme zahlreiche Maßnahmen ergriffen.
Ende des Wohlfahrtsausschusses
Dem Wohlfahrtsausschuss wurde die Macht wieder entzogen, die Pariser Kommune aufgelöst, die Jakobinerclubs mussten geschlossen werden, und viele Anhänger des Terrorregimes wurden hingerichtet. Die neue Direktorial-Verfassung im Jahr III nach dem Revolutionskalender wurde Ende September 1795 angenommen, während wenig später am 26. Oktober 1795 Nationalkonvent und Wohlfahrtsausschuss aufgelöst wurden.
